KÜTLE SPEKTROMETRESİ TEMELLİ GÖRÜNTÜLEME İÇİN YENİ BİR VERİ İŞLEME YAZILIMININ GELİŞTİRİLMESİ
Proje Ekibi (1)
| Proje Türü | Yükseköğretim Kurumları Tarafından Destekli Bilimsel Araştırma Projesi |
| Proje No | - |
| Proje Durumu | Tamamlandı |
| Başlangıç Tarihi | 18-03-2020 |
| Bitiş Tarihi | 30-09-2021 |
| Proje Konusu | Kütle spektrometresi biyomoleküllerin kapsamlı analizlerinde kullanılan en önemli tekniklerden biridir. Matriks yardımlı lazer desorpsiyon/iyonlaştırma uçuş zamanlı (MALDI-TOF) kütle spektrometresi, proteinleri ve peptitleri tespit etmeye yönelik yüksek hızı ve hassasiyetinden dolayı kullanımı tercih edilen bir yöntemdir. Kütle spektrometresi temelli görüntüleme ve matriks yardımlı lazer desorpsiyon/iyonlaştırma (MALDI) görüntüleme deneylerinden elde edilen verilerin analizi için birçok yazılım kütüphanesi ve araç olmasına rağmen verilerin verimli yorumlanmasına yardımcı olan, kullanımı kolay, kullanıcı dostu arayüzlere sahip uygulamalara günümüzde ihtiyaç devam etmektedir. Proje çalışmasında, MALDI görüntüleme verileri için python platformunda açık kaynaklı ve kullanımı ücretsiz olan bir arayüz geliştirilmiştir. Geliştirilen arayüzün kullanıcıların kolaylıkla kullanmasına yönelik bir tasarıma sahip olması benimsenmiştir. Arayüz, kütle spektrometresi temelli görüntülemede yaygın olarak kullanılan bir veri formatı olan ".imzML" dosyalarının işlenmesine uygun olarak geliştirilmiştir. MALDI görüntüleme verileri için geliştirilen spektrum fonksiyonu, spektrum grafiği çizdirerek maksimum tepe yoğunluklarını görmemize imkan tanımaktadır. Geliştirilen arayüz, tek kütle/yük için oluşan grafikten değer okuyarak görüntü oluşturmanın temelini sunmaktadır. Bu özelliği ile kullanıcı istenilen kütle/yük (m/z) değerini grafik araçlarını kullanarak belirleyebilmektedir. Ayrıca oluşan izotop dağılımlarını net bir şekilde inceleme imkanı sağlamaktadır. Geliştirilen arayüzde görselleştirme işlevleri, pyimzML kütüphanesi kullanılarak oluşturulmakta birlikte, toleransa bağlı olarak belirlenen m/z değer aralığı dikkate alınarak gerçekleşmektedir. Oluşan biyogörüntü ısı haritası ile renklendirilmektedir. İstatistiksel araçlar ile verilerin yorumlanmasına yardım sunulmaktadır. Geliştirilen yazılım, MALDI-TOF ve DESI (desorpsiyon elektrosprey iyonizasyon) cihazlarının verilerini işleyeb... |
